1904年，方慧生出生在普宁县洪阳镇西村，原名方思智，读中学时才改用方慧生。

方慧生全身心投入到反帝、反专制统治的爱国运动洪流中。

1924年，方慧生与陈国威、杨若谷、杜式通等人，不顾军阀陈炯明的部属洪兆麟的专制统治压制，组织了“潮州国民会议促成会”，向潮州民众宣传召开国民会议的意义，号召潮州人民反对军阀分赃的善后会议。在这些活动中方慧生表现了鲜明的政治立场及其善于做宣传工作的才能。

他积极参加“潮州国民后援会”，为筹款募捐支持受难工人，四处奔波，废寝忘餐。在群众集会上，他慷慨陈词，揭露帝国主义者的狰狞面目，呼吁潮州民众用实际行动支持上海、广东工人的反帝斗争。他提出“反基督教，收回教育权”的口号，并积极组织开展反基督教、收回教育权等活动，在潮州城产生了很大的影响。

1925年，他在潮州负责筹备发展共青团的外围组织新学生社金中支部时，金中“驱黎”（金中学生驱逐恶劣校长黎贯）学潮中出现了带有对立情绪的潮、客籍两派学生组织。为了使两派学生统一认识，方慧生首先作进步学生的思想工作，使他们摒弃腐朽落后的地方主义。同时，他宣布新学生社金中支部成立，并提出八项主张的《“驱黎”宣言》，为学潮的顺利发展奠定了基础。不久，方慧生又担任共青团潮安县部委书记，他十分注意从进步学生中发展团员，使共青团组织这个青年运动的中坚堡垒不断发展壮大，到1926年5月，全县共青团员已有41人，在青年运动中发挥了重要作用。为了革命发展的需要，他身教言传，利用一切机会，引导青年走革命的道路，在他的帮助教育下，许多先进分子先后加入了中国共产党，成为潮汕地区革命斗争的骨干。

1927年4月15日，国民党反动派在潮汕“清共”。方慧生在赶赴金中通知同志们撤退时，被反动军警围捕，他不屈服敌人的威胁利诱、严刑拷打，严守党的秘密，并教育和鼓励同志们团结一致和敌人作斗争，直至牺牲。